2016年10月9，10日 in 長良川、長良川補助
男子
| 400m予選 | 砂原 健汰(3) | 49"89 | Q | |
| 佐藤 晃平(1) | 54"34 | UB | ||
| 400m準決勝 | 砂原 健汰(3) | 49"93 | ||
| 800m予選 | 角田 涼(3) | 1'56"65 | q | PB |
| 森 信人(1) | 1'57"80 | PB | ||
| 山下 紘永(1) | 1'58"78 | UB | ||
| 伊神 汰一(3) | 2'00"07 | PB | ||
| 藤原 雄太(1) | 2'00"63 | UB | ||
| 戸叶 貴也(2) | 2'01"11 | |||
| 藤原 昌平(4) | 2'01"34 | |||
| 茂田 孝弘(1) | 2'05"61 | PB | ||
| 中野 圭(2) | 2'06"48 | |||
| 佐藤 晃平(1) | 2'08"72 | UB | ||
| 谷 亮成(1) | 2'08"79 | |||
| 萩原 諒(2) | 2'10"57 | |||
| 800m決勝 | 角田 涼(3) | 1'57"46 | 5位 | |
| 1500m予選 | 森 信人(1) | 4'09"44 | q | UB |
| 遠藤 暢(3) | 4'15"59 | Q | ||
| 萩原 諒(2) | 4'16"14 | PB | ||
| 藤原 雄太(1) | 4'19"08 | UB | ||
| 戸叶 貴也(2) | 4'20"19 | |||
| 1500m決勝 | 遠藤 暢(3) | 4'15"10 | 6位 | |
| 森 信人(1) | 4'16"10 | 8位 | ||
| 5000m決勝 | 浮津 照也(2) | 15'53"87 | ||
| 河上 匠(2) | 15'54"44 | PB | ||
| 柴田 雄斗(2) | 15'59"89 | |||
| 遠藤 暢(3) | 16'07"90 | PB | ||
| 上寺 啓太(4) | 16'10"00 | SB | ||
| 斉藤 幹俊(1) | 16'13"90 | UB | ||
| 松井 佑輔(3) | 16'33"35 | |||
| 清水 貴也(1) | 16'36"50 | |||
| 松田 克洋(1) | 16'45"10 | PB | ||
| 飯田 康平(2) | 16'46"23 | |||
| 小川 瑞貴(1) | 16'49"19 | UB | ||
| 千葉 俊季(3) | 16'52"26 | |||
| 森長 真言(3) | 16'55"63 | |||
| 竹原 佑亮(2) | 17'17"70 | |||
| 伊藤 公太(1) | 18'14"38 | |||
| 近藤 利哉(1) | 18'39"35 | |||
| 10000m決勝 | 池亀 透(D1) | 30'32"17 | SB | |
| 國司 寛人(M1) | 30'36"37 | PB | ||
| 岸田 裕也(4) | 30'44"78 | |||
| 塚本 亮司(1) | 31'13"63 | PB | ||
| 佐藤 健太郎(M1) | 31'35"86 | PB | ||
| 福田 拓弥(4) | 32'36"79 | SB | ||
| 金田 陽佑(M2) | 32'50"56 | SB | ||
| 鈴木 雅斗(M1) | 33'03"71 | SB | ||
| 伊藤 無限(M1) | 33'17"66 | SB | ||
| 小松 遼矢(1) | 33'53"77 | PB | ||
| 10000mW決勝 | 山田 剛大(1) | 48'13"10 | 3位 | PB |
| 佐伯 元春(3) | 48'43"64 | 5位 | PB | |
| 紀藤 大樹(1) | 48'55"00 | 6位 | UB |
女子
| 800m予選 | 山中 今日香(1) | 2'23"29 | q | |
| 小笠原 香苗(3) | 2'24"50 | q | UB | |
| 桐木 文咲(1) | 2'27"40 | |||
| 山下 奈央(3) | 2'31"65 | SB | ||
| 山下 南帆(1) | 2'33"85 | |||
| 800m決勝 | 山中 今日香(1) | 2'21"87 | 5位 | |
| 小笠原 香苗(3) | 2'26"41 | 7位 | ||
| 1500m予選 | 山中 聖菜(4) | 4'51"28 | Q | |
| 小笠原 香苗(3) | 4'58"15 | Q | ||
| 山下 奈央(3) | 5'00"33 | Q | ||
| 田中 里歩(2) | 5'00"89 | |||
| 吉田 梢(3) | 5'01"69 | SB | ||
| 南 芽留萌(2) | 5'13"26 | |||
| 三輪 奈津美(3) | 5'19"74 | |||
| 岩本 ちひろ(1) | 5'25"97 | |||
| 1500m決勝 | 山中 聖菜(4) | 4'42"45 | 2位 | |
| 山下 奈央(3) | 4'57"47 | |||
| 小笠原 香苗(3) | 5'03"41 | |||
| 5000m決勝 | 山中 聖菜(4) | 17'20"49 | 3位 | SB |
| 長田 環奈(4) | 18'17"24 | 7位 | PB | |
| 松本 華澄(5) | 19'34"69 | |||
| 三輪 奈津美(3) | DNF | |||
| 10000m決勝 | 松本 華澄(5) | 41'00"12 | 3位 |